Arkæologiske fund bevidner at øen har været beboet siden ældre stenalder. Der er ligeledes gjort fund, en helleristning ved gården Bremå, fra bronzealderen. To forhold indikerer aktivitet og bosætning på øen i vikingetiden: Navnet Snekkebjerg indikerer at der har været landingsplads for vikingetidens langbåde, snekker, på øen, samt fundet af en boplads fra vikingetiden nær gården Kongsager.
I Kong Valdemars jordebog fra 1231 nævnes øen for første gang som ”Øndælaghæ”. Navnene Kongsbo og Kongevejen indikerer at øen har været krongods, men det er bekendt at øen har været i forskellige besiddelser gennem tiderne. I 1400-tallet opføres Endelave kirke.
I 1688 består Endelave by af 37 gårde og fire huse og byen er amtets næststørste landsby.
Landsbyen bliver udskiftet i 1796, således at der blev en mere ligelig fordeling af ager- og engjord. Dette betød at omtrent halvdelen af byens gårde blev flyttet ud. Strukturen fra omorganiseringen ses stadig i dag, i diger og levende hegn syd for byen.
Samme år som omorganiseringen købte Georg Ditlev Schildknecht hele Endelave inklusiv fæstebønder af en godsejer på fastlandet. I 1797 opførte han Louisenlund, hvor han boede med sin hustru og tre børn indtil sin død i år 1800. Godset var i slægtens eje i mere end 100 år. Hovedbygningen er fra 1905 og blev opført af nye ejere. Godset har haft flere forskellige ejere de sidste 100 år, både offentlige og private. Senest har godset fungeret som feriekoloni indtil det blev solgt i 2009 til de nuværende ejere, som adskilte bygningerne til udlejning og jorderne til jagt.
I 1944 støder skibet Agda på en mine ud for Endelave og 14 personer omkommer. Begivenheden har sat sine spor i endelavitterne som stadig mindes. I dag står der en mindesten for Agda og de omkomne ved ankomsten til byen fra havnen.
Derudover har der gennem tidens løb været både mejeri, op til 5 kolonialhandlere og en løvetæmmer på øen.
Videnskabernes Selskabs kort fra 1787
Høje Målestoksborde 1842-1899.